新茶嶺的歷史可以追溯至1940年代中。當時由於大量難民湧入香港，所以到港難民選擇於山邊建築寮屋居住。茶果嶺於1922年時已開始進行採石業，以出產高嶺土為主。因此，一部分異常相關人士（POI）則選擇搭建新茶嶺並於內部居住。鑑於事態倉卒，新茶嶺的搭建十分粗糙，並且盡可能精簡。所以，直至現時為止新茶嶺的天氣及時間皆與茶果嶺完全同步。
值得留意的是，於香港日佔時期日軍並無發現新茶嶺的存在，因此成為遊擊隊的據點。當中以茶嶺居民自發組成的「茶嶺常備隊」為主，這些游擊隊組織亦是「新茶嶺人民代表大會」前身。
1940至1950年代期間，新茶嶺屬於無政府狀態。但其內部類近於1970年代時的九龍城寨， 由當地居民組成一個名為「新茶嶺人民代表大會」。 雖然從其名稱內可見參考自中國政府， 但實質與中國政府完全無關，該地區則保持無政府狀態。
於1955年時，由於當時一批新加入的新茶嶺住民（當時稱為上海幫）與其他住民（當時稱為粵東幫）發生爭執。當時上海幫主要居住在較新的寮屋區(即後來的下茶嶺村），而粵東幫則居住於上茶嶺村（當時名叫茶嶺村）。最終由上海幫激進成員策劃一場針對上茶嶺村的縱火行動。該次事件中，上海幫使用一種極為特殊的異常縱火器材，使得火勢迅速蔓延。於該次事件中，「新茶嶺人民代表大會」的成員憑 藉較高的機動性及手上所擁有的部分槍械得以控制場面，並將上海幫驅逐出新茶嶺。其後上海幫轉移至九龍城寨，成為當時九龍城寨內部的主要異常勢力之一。亦因此，大部分於新茶嶺尤其上茶嶺村居民和九龍城寨黑幫關係惡劣。上述事件亦引致當時民眾自行成立新茶嶺消防局，並沿用至今。
1961年，由於兩名異常嫌疑犯逃入新茶嶺，以逃避皇家香港警察零號專隊（當時名為香港警察零號專隊）的拘捕。零號專隊的成員使用其他技術進入後亦因此發現新茶嶺。其後經過港督及MI666之命令，新茶嶺正式被劃入英屬香港。內部之治安則由零號專隊負責，大部分「新茶嶺人民代表大會」成員亦因此加入零號專隊。值得留意的是，本次的接管相對和平，並無激起當地居民的反抗，當時的中國政府亦同意上述做法。
自1975年起，開始有越南難民乘船偷渡來港，其中包括部分當地異常組織成員。這一批異常相關人士，就有部分轉移至新茶嶺，並於1979年達到高峰（146人）。由於語言不通及人員湧入，難民與當地居民的磨擦漸生。於是，1980年經零號專隊向MI666申請，在新茶嶺興建「新茶嶺難民營」（現時已被改建為新茶嶺社區中心）安置越南船民。 不過該難民營於1992年曾經爆發騷亂（茶嶺難民營大火），導致難民營內28名難民被捕，五名難民死亡，37名難民受傷送院。該次事件亦成為九十年代香港最大規模的異常犯罪事件。
1997年，隨著英屬香港回歸中國，新茶嶺的主權亦被一拼交回。原按中華人民共和國國對於異常地域的處理，一律由「中共中央調查部異常管理處」所管治。 但由於一國兩制的確立，因此將零號專隊改組成新茶嶺警署，職務亦從收容與管理香港異常事務改為管理新茶嶺之治安。
