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1924年，基金會創立了一支僅O5知曉的秘密特別特遣隊，代號名稱「反叛軍」。「反叛軍」的領袖由MTF Alpha-1 「血色右手」成員組成，他們廣為人知的除了對O5議會的忠誠以外，還有一切成謎的起源、身分以及行動。反叛軍的領袖受到研究、安全、回收等專長的人員支持，其全員都來自基金會編制體系下。
對基金會的大部分人以及異常世界來說，反叛軍是以非正規管道帶著一些研究員與異常項目脫離基金會的派閥組織。事實上，O5議會創立反叛軍，讓他們以有倫理爭議的手段取得並不道德的成果，藉此完成目標的同時還能讓基金會在公眾眼中保持雙手白淨。大約二十四年期間，反叛軍都在名為基金會叛逃者的偽裝下活動，同時利用異常物品暗中推動O5議會的目標。
1948年，在一次看似例行公事的行動中，反叛軍將數個SCP物品移出基金會收容措施，並將數十名叛逃的基金會研究員轉移到各個不同的安全場所。而後在同一天，還發生了其他數起計畫之外的基金會設施襲擊行動。反叛軍奪取了具有高度研究價值與軍事潛力的SCP物品，並且導致基金會人員嚴重傷亡。基金會最大的謊言已然成真。基金會秘密中的污名部隊已經叛離，同時基金會還必須面對來自這個組織的威脅。他們對自己有一個新的稱呼：渾沌反叛軍。
O5議會一時之間備受震撼。不提叛逃，光是不忠的跡象也未曾在血色右手的人員身上出現過。仍無法確知促使反叛軍背叛基金會的動機。對叛離的反叛軍實行人員進行的搜索、拘拿或者暗殺行動都以失敗告終。基金會對內將這項資訊設置為機密內容，並且堅稱反叛軍於1924就已叛離，而1948年所發生的不過是由早已存在的派閥組織發起的攻擊行動。
如今的渾沌反叛軍與當初成立它的組織有些許相似之處。渾沌反叛軍的德爾塔指揮部，籠罩於秘密之中並向底下的階級發布命令。伽瑪階級的研究員與軍事指揮官負責在德爾塔指揮部下達命令後監督其執行狀況，而貝塔階級的人員雖說不會接到與伽瑪階級有相同等級的指令，但也負責實地執行反叛軍任務。阿爾法階級人員的招募來源通常是對異常幾乎一無所知的人們，他們會接受聘僱的原因大都是他們除此之外就只能繼續在異常世界之外過著悲慘的人生。他們是雜兵：數量龐大又用完即丟。
反叛軍現分裂成兩個部門：軍事力量與研發設計。兩大部門旗下的各個小組獨立作業，並不知曉其他小組的確切行動與目標。新募成員只接收來自他們上級的指示並且被要求毫無懷疑地聽令行事，甚至完全不知道他們所做的一切都是由德爾塔指揮部所主導，更加宏大的計畫之中的一片拼圖。反叛軍告訴他們，他們正在進行一場偉大的反抗，要推翻的是現有局勢的無政府狀態——當今世界中的「共識現實」本身即是虛偽，歷史即是漫天大謊，皆因基金會犯下的惡行所致。反叛軍告訴他們，他們將要用異常來建起一個有烏托邦的未來，在那裡人類會是一切的主宰，而不只是虛幻不實的光景。
但說實話，誰知道渾沌反叛軍真正想要的是什麼？